واکاوی جریان‌های حوزوی امری است که برای حفظ روند رو به رشد حوزه علمیه و جلوگیری از نفوذ افکار و جریانات منحرف و آسیب‌زا ضروری است و این امر باعث شد تا مصاحبه‌ای با حجت‌الاسلام و المسلمین حسن غفاری‌فر از محققین و صاحب‌نظران این عرصه داشته باشیم. وی در بخش‌های گذشته چرایی وجود این جریانات و نقش عوامل مختلف در به وجود آمدن آنها را تبیین کرد و در این بخش ضمن بیان دیگر عوامل نفوذ، چرایی پایداری و عدم افول حوزه با وجود این جریانات را تحلیل می‌کند.
از دید تیز بین مدرّس هدف از تغییر قاجار به پهلوی آن بود که حیات ملی ایران دستخوش تغییرات اساسی گردد که با وجود رژیم قاجار این امکان وجود نداشت یا بسیار مشکل بود چرا که با وجود تمامی ضعف‌ها و سستی‌هایی که پادشاهان قاجار داشتند و خرابی‌هایی که از ناحیه آنان بر کشور ایران وارد گردید، روحانیت از اعتبار لازم برخوردار بود، و در ثانی مجلس نقش تعیین کننده‌ای داشت، ولی با تغییر رژیم مسلما این دو ابزار مهم مواجه با آسیب جدّی می‌شدند.
جریان‌شناسی عبارت است از شناخت منظومه و گفتمان، چگونگی شکل‌گیری، معرفی مؤسسان و چهره‌های علمی و تأثیرگذار در گروه‌های فکری، فرهنگی، سیاسی و اقتصادی. جریان شناسی متناسب با موضوع و سوژه مورد شناسایی دارای انواع گوناگون و پسوند‌های مختلف است.
در جریان صلح اگر امام حسن کشته می‌شدند. در این حالت امام حسین هم وارد میدان می‌شد و کشته می‌شد. بقیه اصحاب وفادار نیز کشته می‌شدند و امام حسن را هم یک آدم اخلالگر در تاریخ برمی‌شمردند.
حضرت امام خمینی(ره) مُسکّن نمی‌دادند و بنیادی کار می‌کردند، یکی از این نمونه‌های بارز آن همین مسئله بود؛ حضرت امام(ره) در پاسخ عده‌ای از بزرگان لبنان برای مساعدت می‌فرمایند: شما توانایی ایستادن در مقابل اسرائیل و یا هر دشمن دیگری را ندارید مگر اینکه اتحاد داخلی برقرار نمایید و با هم برادر شوید.
حضرت امام(ره) که ورود افرادی مانند سید حسین خمینی را به سیاست برای کشور خطرناک می‌دیدند، در نامه‌ای فعالیت سیاسی را بر ایشان حرام اعلام کردند و امر نمودند که وی به حوزه علمیه قم برگردد و به تحصیل علوم اسلامی و انسانی بپردازد.
از منظر رهبر معظم انقلاب، حوزه سکولار مولفه هایی دارد که برخی از آنها عبارتند از: 1- کناره گیری و انزوا 2- تحجر و جمود 3- بی‌خبری 4- بی‌تفاوتی 5- نگاه غیر جدّی به حکومت 6- بی‌بصیرتی 7- جهل و بی‌خبری
»مکتب در فرآیند نواندیشی» اثری است انتقادی پیرامون بازخوانی نواندیشی محسن کدیور در حوزه شیعه‌شناسی که توسط حسن علی پور وحید نوشته شده است و در نشر معارف سال 1394 به چاپ رسیده است
