فقه یکی دیگر از گرایش‌های فعال در حوزه علمیه اصفهان از ابتدای تشکیل آن بوده است. در توصیف این جریان ابتدا به طور مختصر به مکاتب مختلف فقهی مطرح در عصر صفویه و سپس به درگیری اخباریان و اصولیان در این حوزه خواهیم پرداخت.
با ورود افکار غربی به جامعه ایران در عصر قاجار، از آنجا که حاملان و عاملان تفکرات غربی، امکان طرح آشکارای اندیشه خود را نداشتند، دست به اقدامات پوششی و استتاری زدند. آنان یا نمی‌توانستند آشکارا با اسلام مخالفت کنند یا نمی‌خواستند چهره‌ای غیر مسلمان از خود به نمایش بگذارند. همچنین برخی از آن‌ها همچنان علایق مسلمانی را در خود زنده می‌دیدند و با وجود اینکه دل در گرو دیگری داشتند، می‌خواستند به اسلام نیز وفادار بمانند. از میان ایرانیان فرنگ رفته یا آشنا با مکاتب غربی، علاوه بر متأثران از سوسیالیسم و مارکسیسم، عده‌ای نیز تحت تأثیر افکار اومانیستی و لیبرالیسم بودند؛ از این رو در بازگشت به ایران، همان اومانیسم و لیبرالیسم را با دین آبا و اجدادی خود تلفیق کردند تا به تصور خود راه پیشرفت و توسعه ایران را همچون اروپا هموار کنند.
و این کلمه را من بگویم، خدای متعال می‌داند که من نسبت به آخوندهای فاسد آنقدر شدید هستم که نسبت به سایر مردم نیستم. ساواکی پیش من محترم‌تر است از آخوند فاسد! و خدای متعال می‌داند این را که قضیه دادگاه ویژه اگر باشد، برای این نیست که دفاع باشد؛ برای این است که یک دسته اشخاص فاسد می‌خواهند اشخاص آبرومند را از بین ببرند؛
سیدمحمد موسوی خوئینی‌ها در ۳۱ فروردین ۱۳۲۰ در قزوین به دنیا آمد و در همانجا درس طلبگی را آغاز کرد. وی مانند بسیاری دیگر در سال‌های منتهی به انقلاب به مخالفت با نظام شاهنشاهی می‌پردازد و در دهه پنجاه در مسجد «جوزستان» در تهران به تفسیر قرآن مشغول می‌شود. کلاس‌های وی با دستگیری او توسط ساواک پایان می‌یابند. وی بعد از آزادی از زندان به فرانسه مسافرت می‌نماید و جزء حلقه یاران امام در آنجا می‌شود.
امروز با افرادی در حوزه روبرو هستیم که به بهانه‌هایی از زیر بار حمایت و همراهی با انقلاب اسلامی شانه خالی می‌کنند. این افراد معتقدند که ما هم کارکردهای علمی و هم کارکردهای اجتماعی را انجام می‌دهیم، حتی عقیده دارند که با مردم ارتباط خوبی دارند اما بر این باورند که اگر بخواهیم با نظام اسلامی و حکومت ارتباط داشته باشیم و موضع‌گیری کنیم، این موجب سیاسی شدن ما و از بین رفتن موقعیت اجتماعی ما است.
هفتم تیر نه یک روز که تاریخ یک امت است، تاریخی که تکرار کربلاست و کربلائی که همه چیز ما است. آری کربلا پشتوانه حیات ما. مبدأ جوشش نسل‌های ما و 1400 سال تلاش‌ها و ویژگی‌های ارزشمند معنوی و تاریخی و فرهنگی ماست، و ما وارثان کربلائی خونبار از ۷۲ تن حسین(ع) تا ۷۲ تن بهشتی هستیم. واین چنین است که « همچنان راست قامتان جاودانه تاریخ مانده‌ایم».
