مورخین مشروطه در شرح حوادث روزهای آخر عمر شیخ، تصریح دارند که از سفارت روسیه کسانی نزد شیخ آمدند و گفتند: ما حاضریم بیرق روسیه را بالای خانه شما نصب کنیم تا جانتان در حفظ و پناه امپراتور تزاری قرار گیرد، ولی شیخ زیر بار نرفت و به قول اعظام الوزاره، فرمود: اسلام، زیر بیرق کفر نخواهد رفت!
اعضای انجمن مخفی این‌گونه جلوه می‌دادند که شیخ با مشروطه مخالف است! بعد هم از مراجع نجف کسب تکلیف می‌کنند که تکلیف کسی که با مشروطه و مجلس مخالفت می‌کند، چیست؟! آنها هم حکم می‌دهند او (شیخ فضل الله) مطرود است! باید چنین فردی را از بین برد!
روشنفکرانی که در یک قرن اخیر نقش حساس و مهمّی در حرکت‌های سیاسی و اجتماعی داشتند را به دو گروه تقسیم می‌کنیم.
الف- گروه دنباله‌رو روحانیت شیعه. انگیزه آنها حفظ دین و مبارزه با فساد و استبداد بود.
ب- گروه دیگر رهبران سیاسی غیر مذهبی. این رهبران عموماً لیبرال و غرب‌زده بودند و تحت تأثیر فرهنگ و تمدن غرب بودند.
حوزه علمیه در دوران آیت الله بروجردی حیاتی تازه یافت و به طوری که آیت الله گلپایگانی در یک سخنرانی در سال 45 ابراز داشته، این زمان هفت هزار طلبه در قم مشغول تحصیل بوده است. در این دوره از تاریخ حوزه، امام خمینی جریان دینی را در برخورد مرجعیت با سیاست در ایران پایهگذاری کردند. در ایران، دو گروه از روحانیون حرکت امام را به طور جدی حمایت و سپس دنبال کردند تا آنکه در نهایت در انقلاب ۵۷ پیروز گشتند:
سران مجمع روحانیون مبارز از جمله مهدی کروبی و محتشمی‌پور جزو مخالفان سرسخت تفکر آیت الله مصباح‌یزدی محسوب می‌شوند؛ همو که مقام معظم رهبری از وی به عنوان جانشین علامه طباطبایی شهید مطهری یاد کرد که خلا ایشان را پر کرده است.
