مراجع شیعه، قهرمان مبارزه با سلطه بیگانگان در حوزه‌های سیاسی، اقتصادی و فرهنگی بودند. آنها در حوزه‌های دفاعی و نظامی آماده حضور در صحنه‌های نبرد با دشمن استعمارگر شدند. این در شرایطی است که روشنفکران ایرانی مروج تسلیم در برابر غرب بودند.
مورخین مشروطه در شرح حوادث روزهای آخر عمر شیخ، تصریح دارند که از سفارت روسیه کسانی نزد شیخ آمدند و گفتند: ما حاضریم بیرق روسیه را بالای خانه شما نصب کنیم تا جانتان در حفظ و پناه امپراتور تزاری قرار گیرد، ولی شیخ زیر بار نرفت و به قول اعظام الوزاره، فرمود: اسلام، زیر بیرق کفر نخواهد رفت!
حوزه‌های علمیه بایستی از سیاست هرگز دور نمانند. یکی از مهمترین دلایل لزوم سیاسی بودن حوزه‌های علمیه، وابستگی نظام جمهوری اسلامی به روحانیت و علمای دین است.
اصفهان در طول تاریخ پس از اسلام دو دوره‌ی درخشانِ فرهنگی و مذهبی داشته است: اول از قرن چهارم تا قرن ششم که بیشتر مردم این شهر سنی بودند. در این دوره اصفهان مرکز علوم و معارف اسلامی بود و طلاب علوم دینی از شهرهای مختلف به این شهر مسافرت می‌کردند. در این دوره، علمای اصفهان در میان فقها به «طبقة اصبهانیین» معروف بودند. دوره دیگر از قرن یازده تا چهارده هجری است که اکثر مردم این شهر شیعه هستند. در این دوره نیز اصفهان به مرکز جریان‌های مختلف فکری و فرهنگی شیعه تبدیل شد و به طور خاص حوزه علمی شیعی در این دوره در اصفهان شکل گرفت.
