بی‌تردید روحانیت شیعه در عهد قاجار از نیرومندترین و متنفذترین اقشار و ایران بود؛ اقتدار و مبارزاتی که منجر شد مظفرالدین شاه قاجار ۷ ماه پس از دستور تاسیس «عدالتخانه»، در روز ۱۴ مرداد ۱۲۸۵ فرمان مشروطیت را صادر کرد.
مورخین مشروطه در شرح حوادث روزهای آخر عمر شیخ، تصریح دارند که از سفارت روسیه کسانی نزد شیخ آمدند و گفتند: ما حاضریم بیرق روسیه را بالای خانه شما نصب کنیم تا جانتان در حفظ و پناه امپراتور تزاری قرار گیرد، ولی شیخ زیر بار نرفت و به قول اعظام الوزاره، فرمود: اسلام، زیر بیرق کفر نخواهد رفت!
اعضای انجمن مخفی این‌گونه جلوه می‌دادند که شیخ با مشروطه مخالف است! بعد هم از مراجع نجف کسب تکلیف می‌کنند که تکلیف کسی که با مشروطه و مجلس مخالفت می‌کند، چیست؟! آنها هم حکم می‌دهند او (شیخ فضل الله) مطرود است! باید چنین فردی را از بین برد!
